مركز تحقيقات ميكروب شناسي باليني دانشگاه علوم پزشکی ایلام به منظور تحقيقات در زمينه ی توسعه دانش ميكروب شناسی و انجام تحقیقات کاربردی و کاهش مقاومت میکروبی در سال2014 با مجوز وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی فعالیت خود را شروع نمود.
هر چند که ارتقاء سطح بهداشت عمومی منجر به کاهش بیماریهای عفونی گردیده است ولی هنوز برخی از بیماریهای عفونی بویژه عفونت های گوارشی و تنفسی در کشورهای در حال توسعه، شایع می باشد از طرفی استفاده بی رویه از آنتی بیوتیک ها در درمان عفونت های باکتریایی منجر به گسترش مقاومت آنتی بیوتیکی در بین باکتریها و ظهور باکتریهایی با مقاومت دارویی MDR ، XDR و PDR گردیده است.
این مرکز با تمرکز بر مطالعات تحقیقات کاربردی از جمله مداخله در زمینه کاهش مقاومت آنتی بیوتیکی در بین باکتریها، بررسی پتانسیل توکسین های باکتریایی در درمان انواع سرطان، بررسی تاثیر پروبیوتیک و فراورده های گیاهی در درمان عفونت های مختلف، تحقیق، توسعه و تولید داروها و فراورده‌های مبتنی بر نانوفناوری، مطالعه فاکتورهای ویرولانس میکروارگانیسم ها ، ایجاد بانک میکروبی جهت مقاصد تحقیقاتی و مداخله در زمینه کاهش شیوع عفونت‌های بیمارستانی، فعالیت می نماید.